Doanh nghiệp có chi nhánh phụ thuộc đang được hưởng ưu đãi thuế như bình thường doanh nghiệp sẽ tổng hợp nộp thuế tại công ty mẹ để nộp. Trong TT 80 có quy định phân bổ thuế TNDN đối với CSSX kinh doanh (Chi nhanh phụ thuộc ở đây là Cơ Sơ sản xuất đang được hưởng ưu đãi thuế) tại từng tỉnh nơi có cơ sở sản xuất, bao gồm cả nơi có đơn vị được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp. Vậy kỳ quyết toán thuế TNDN có áp dụng những đều trên của TT 80/2021/TT-BTC